En el marco del juicio por la tragedia, Claudio Villamide impugnó el informe de 2016 de la Inspección General de la Armada, señalando imprecisiones y defendiendo las condiciones operativas del submarino.
En una ampliación de su declaración indagatoria ante el Tribunal Oral Federal Criminal de Río Gallegos, el excomandante de la Fuerza de Submarinos, Claudio Villamide, calificó como «impreciso e inexacto» el informe realizado en 2016 por el entonces Inspector General de la Armada, contraalmirante Eduardo Pérez Bacchi, sobre el estado del submarino ARA San Juan.
Villamide, quien fue destituido de la Armada y se encuentra procesado, declaró por más de dos horas exhibiendo documentación para respaldar sus dichos. El exoficial cuestionó aspectos técnicos y operativos mencionados por Pérez Bacchi en una audiencia anterior, sosteniendo que el informe representaba una «fotografía atrasada» que no reflejaba la situación del submarino en octubre de 2017, momento de su última zarpada.
Entre los puntos debatidos, Villamide afirmó que en febrero de 2017 la fuerza ya contaba con las radiobalizas, que el problema de ingreso de agua por los cables estaba resuelto al momento de la partida, y que la falta de pirotecnia era suplida por elementos más modernos. Respecto al estado del tronco de embarque de torpedo, señaló que un informe técnico en inglés de la empresa supervisora indicaba su buen estado, pero su traducción se demoró.
El excomandante también se refirió al contexto en que se realizó la inspección de Pérez Bacchi, cuestionando que se llevara a cabo cuando él y gran parte de la Armada estaban embarcados en la búsqueda del submarino, y destacó que los inspectores «no contaron con submarinistas» a bordo. «Nunca dijo nada antes», remarcó Villamide, preguntando por qué, si existían riesgos institucionales, no se opuso a la zarpada.
Villamide expresó ante el tribunal sentirse con «mucha bronca» y relató que, tras la tragedia, no fue convocado por las máximas autoridades de la Armada ni del Ministerio de Defensa para explicar la situación, a pesar de haber expuesto posteriormente ante una comisión bicameral del Congreso.